本課程的主要內容是討論現代科學針對我們心靈層次的內心世界有何最新的研究進展以及這些最新的進展對千百年來哲學上「唯心論」與「唯物論」的論辯又有何啟發。本課程第一部份的內容將由現代腦神經科學的新知以及心理學的角度討論意識以及潛意識的形成與運作。現代腦神經科學的討論將以2000年諾貝爾生理醫學獎得主Eric Kandel與加州大學聖地牙哥校區神經醫學教授Larry R. Squire合著之「透視記憶（Memory:from mind to molecules）」，紐約大學神經科學教授Joseph LeDoux所著「腦中有情（The emotional brain）」，以及英國著名科普作家Rita Carter所著「大腦的祕密檔案（Mapping the mind）」等幾本書的內容為主。至於心理學層面的討論則包括近代西方心理學以及印度唯識學派兩部份。近代西方心理學的部份將以佛洛依德（Sigmund Freud）所創的「精神分析學」以及容格（Carl Gustav Jung）之後再發展形成之「分析心理學」的論述為基礎。印度唯識學派的部份則將介紹古印度瑜珈修練者透過意念訓練所體悟到的意識以及潛意識的運作模型。
本課程的第二部份將介紹近年來腦神經科學家如何運用正子斷層造影(PET)以及功能性磁振造影(functional MRI)等最先進的儀器研究意念訓練(如禪坐、祈禱、氣功打坐、瑜珈打坐等)對腦部結構與功能所產生的影響。本部份的討論將已賓州大學醫學院Andrew Newberg教授所著「改變大腦的靈性力量（How God changes your brain）」以及長庚大學醫學院朱迺欣教授所著「打坐與腦」兩本書的內容為主。同時我們將以美國UCLA精神醫學教授Jeffrey Schwartz所著「重塑大腦（The mind and the brain）」一書的內容為依據，討論人類大腦的可塑性以及Schwartz教授、英國牛津大學的Teasdale教授、加拿大多倫多大學的Segal教授等腦神經科學家又如何運用意念訓練而成功設計出有效治癒精神疾病的步驟。這些醫學上的證據充分說明了情緒管理與意念訓練對我們心理健康乃至於生理健康的重要性。
本課程最後一部分將進入哲學層次的討論。由現代科學不同的觀點，討論「物質一元論」能否全面解讀心識活動的奧秘，以及東西方文明已經發展成熟的各種哲學觀點又如何與現代科學的新知相互印證，並進而對心靈科學的發展帶來那些啟發。